平台使用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)进行基因型鉴定的基本原理是利用基因工程大鼠和小鼠的待检测基因与野生型相应基因的序列差异，利用PCR扩增相应序列，并以琼脂糖凝胶电泳的条带差异(有时需要结合一代测序)来区分不同基因型。比如判断动物是纯合，杂合还是野生型。
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